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Mac OS X for OpenJDKのBoFセッションでは、「ランタイムを全部アプリに含めていればiOSの規約はクリアできるんじゃないか」という話があったようです。Adobe AIRが最新版の3で実現している「Captive Runtime」機能のようなものなら可能性はあるのかもしれません。