大きくぶれるのは細かなUI部品や動きの制作費です。同じ機能を実装するにしても、標準機能のみを使い実装するのと、スクラッチでカスタムビューを作るのでは、コード量にして数十倍、テスト時間もその分何倍もかかりますが、見積時に言語化しにくくもめる部分になります。
TitaniumやPhoneGapだと、HTML/JSでかける範囲を超えてネイティブのモジュール開発が必要になると極端に跳ね上がりますしね。おすすめは、ブラッシュアップに関しては成果物でなく時間に対して費用をかける方式です。
また、顧客に対して、マーケットから手頃なアプリを松竹梅でUIのコストがかかってそうな順に提示し、これだと1000万くらい、これだと500万くらい、これだと200万くらい、とUIのブラッシュアップがいかにお金がかかるかを例示するのも良いですね。
